La création de l'ancienne église remonte jusqu'à l'année 1000 environ. Sa largeur totale de 34 mètres est surpassée en Suisse uniquement par les cathédrales de Bâle et Berne.

Le plafond baroque en stuc dans la nef fut créé par Johann Jakob Schärer en 1733. La fresque du portement de la croix sur le mur ouest à côté de l'orgue a été créé aux environs de 1500 et montre en arrière-plan la plus ancienne vue (partielle) connue de Schaffhouse.

En 1990 eut lieu l'inauguration de l'église St. Johann rénovée ; elle est utilisée comme église de concert et est un endroit de présentation des fêtes de Bachfach.