Das Münster ist der ursprünglichste romanische Kirchenbau der Schweiz, eine eindrucksvolle Basilika. Die einstige Benediktinerabtei Allerheiligen mit der um 1106 geweihten Klosterkirche und dem Münsterturm aus der 2. Hälfte des 12. Jahrhunderts zählt zu den wenigen, gut erhaltenen, romanischen Klosteranlagen der Schweiz.

Um 1090 legte man die Grundmauern zu einem grossen, fünfschiffigen Münster. Der Bau blieb aber in den Fundamenten stecken und an seiner Stelle realisierte man das heutige Münster. Der Münsterturm wurde um 1150 errichtet, der Turmhelm ist spätgotisch.

1524 wurde die Benediktinerabtei aufgehoben und das Münster zur Pfarrkirche.

Heute ist das Münster Gottesdienstraum der evangelisch-reformierten Kirchgemeinde Schaffhausen-Münster und dient ausserdem als Konzertkirche.

Kreuzgang zu Allerheiligen (12./13. Jh.)
Der grösste Kreuzgang der Schweiz. Teils romanisch 12. Jh., teils gotisch 13. Jh., umschliesst er den romantischen, bezaubernden Kreuzganggarten, den sogenannten «Junkerfriedhof», in dem von 1582 bis 1874 hohe Schaffhauser Magistraten wie Bürgermeister, Ratsherren, Pfarrer und andere verdiente Bürger und Bürgerinnen beigesetzt wurden.